La A.D. Marathon se constituye al amparo de la legislación vigente mediante unos órganos de Gobierno que son la Asamblea General de Socios, el/la Presidente/a y la Junta Directiva, y se rige por unos Estatutos que tienen que ser aprobados por la Comunidad de Madrid
Los socios son (sois) la base de la entidad. La condición de socio se renueva anualmente y son los que forman la Asamblea General, siempre que sean mayores de 16 años. Pueden elegir y ser elegidos a los órganos de Gobierno y tienen los derechos y deberes contemplados en los Estatutos.
Como todo club la Asamblea General se reúne al menos una vez al año y es la que aprueba y discute las líneas generales de actuación del club.
La Junta Directiva es el órgano ejecutivo de esas líneas generales y el equipo de Gobierno del club.
En la actualidad el club cuenta además de un equipo de personal laboral que lleva a cabo las diferentes tareas administrativas y de gestión, con dos figuras que coordinan las dos áreas importantes de la entidad. Por una parte el Gerente que lleva la coordinación general, y por otra parte el Director Técnico, que lleva la parte deportiva del club, gestionando además el equipo de entrenadores-técnicos del club que se encarga de la actividad física de las escuelas y gran parte de los deportistas del club.
En los temas relacionados con la competición y decisiones del ámbito deportivo hay una Comisión Técnica que es la que toma las decisiones al amparo de la Junta Directiva, formada por miembros de ésta y al Director Técnico.
La Junta Directiva actual está formada por: